L'idea della filogenesi è usata nel contesto della biologia per alludere all'origine e all'evoluzione della specie . Il concetto può anche riferirsi al ramo di questa scienza che si concentra sui legami di parentela che esistono tra i vari insiemi di esseri viventi.

Dalla teoria dell'evoluzione guidata dallo scienziato inglese Charles Darwin, divenne necessario conoscere la storia evolutiva di ciascuna specie. La filogenesi è emersa con lo scopo di studiare le relazioni evolutive, analizzando come vengono distribuiti i personaggi dei vari taxa.

Questi dati consentono la creazione di alberi filogenetici, che dettagliano le relazioni evolutive tra quelle specie che hanno un antenato in comune. Gli alberi filogenetici, a loro volta, permettono di sviluppare la classificazione filogenetica che stabilisce la vicinanza evolutiva tra le specie.

Per conoscere la filogenesi di un organismo, bisogna studiare il suo DNA, la sua anatomia e la sua morfologia, tra molte altre caratteristiche. I risultati di questo tipo di studio ci permettono di conoscere le somiglianze e le differenze tra le specie e quindi stabilire le loro relazioni evolutive.

Un clade è un gruppo composto da un antenato e tutti i suoi discendenti. Chiamato anche gruppo monofiletico, consiste nell'antenato comune (un regno, una specie o popolazione) e tutti gli organismi che discendono da esso. Se questo gruppo è escluso da un discendente, viene chiamato gruppo parafiletico . Nel frattempo, i gruppi composti da specie che discendono da più di un antenato sono noti come polifiletici .